Le début de cette troisième saison annonce le retour de Ryan, Marissa, Sath et Summer qui sont sur le point de commencer leur denière année au lycée. Mais pendant que tout le monde profite des derniers jours de vacances, un nuage noir plane au-dessus de notre quatuor. Trey, le frère de Ryan, est encore entre la vie et la mort 2 mois après s'être fait tiré dessus et les policiers veulent savoir qui lui a vraiment tiré dessus. Ryan va-t-il accuser le coup pour sauver Marissa? En tout cas, Julie Cooper et Jimmy sont deternminés à protéger Marissa quel qu'en soit les moyens. Pendant que Sandy, Seth et Ryan essaient de se débrouiller seuls à la maison, Kirsten, au centre de désintoxication près de la mer, se fait une amie, Charlotte, qui -comme tout à Newport Beach- n'est peut-être pas ce qu'elle paraît être...
En tant que présidente, Marissa essaie d'organiser le carnaval de l'année non sans difficultés, à cause d'une peste: Taylor. Sandy est surpris en apprenant que Kirsten est sortie du centre et vie avec sa nouvelle amie Charlotte, sans en informer son mari. Sandy est inquiet devant l'attachement de sa femme pour cette femme. Julie et Sandy rencontrent Dr. Kim et Dean Hess, le nouveau responsable de la discipline, pour discuter du futur de Ryan et Marissa à Harbor High. Une décision est prise et risque de changer la vie de Marissa. Pendant ce temps, Jimmy rencontre un homme avec qui il discute ouvertement de ses problèmes financiers et va faire ne surprenante proposition à Julie.
Bien qu'ils soient finallement heureux ensemble, Ryan et Marissa sont forcés par Sandy et Julie à rester éloignés l'un de l'autre. Pendant ce temps, Dean Hess demande à Seth et Summer de plus s'investir dans l'esprit de harbor high, ce qui leur donne une idée pour réunir Ryan et Marissa. Leur plan marche à merveille, Ryan et Marissa passent une nuit qu'ils ne sont pas près d'oublier. Cependant, Summer et Seth se font prendre par Taylor. Pendant ce temps, le testament de Caleb est révélé, ce qui laisse une Julie abasourdie...
Etant renvoyée de Harbor High, Marissa va désormais à Newport Union, le lycée public. Elle essaie tant bien que mal de remettre de l'ordre dans sa vie et se fait quelques nouveaux amis, dont Johnny, qui ne semble pas indifférent au charme de Marissa. Pendant ce temps, Ryan se demande si cette séparation va avoir des conséquences sur leur relation. De leur côté, Seth et Summer s'occupent de Taylor :la roue tourne! Pendant ce temps, l'amie de Kirsten ,Charlotte, débarque à Newport avec de grandes idées. Sandy, lui, réfléchit sur le futur du groupe Newport.
Ryan décide de prendre une décision qui risque de changer sa vie, et à sa surprise, a le soutient de Sandy. Marissa se tourne vers ses nouveaux amis pour aider Ryan. Pendant ce temps, le responsable de la discipline Dean Hess, continue sa petite croisade qui a pour but de ruiner le futur de Ryan. Mais de leur côté, Seth et Summer partent également en croisade pour revéler le secret de ce Dean Hess. Pendant ce temps, Charlotte fait une offre à Julie qu'elle ne peut refuser...
Seth aide Taylor à mettre des affiches pour la soirée qu'elle organise. Mais la fête ne se déroule pas comme prévu et une fois de plus, Seth est là pour la tirer d'affaire. Marissa et Summer sont à la plage, où quelques surfeurs profitent des vagues. Casey, la petite amie de Johnny, pense que celui-ci éprouve plus que de l'amitié pour Marissa et se raproche d'un certain Volchok. En apprenant cela, Johnny retrouve Volchok sur la plage, mais Ryan et les autres arrivent à temps et il donne un coup de poing à Volchok. Quant à lui, Sandy rencontre un homme d'affaire, Kurt Williams et son protégé Matt Ramsey, dans le but de leur céder le Newport Group, mais à une condition: qu'ils ne détruisent pas les logements à bas prix, près de la plage. Ayant des doutes sur ce Williams, Sandy décide alors de prendre la tête du Newport Group avec Matt. Pendant ce temps, Charlotte et Julie dinnent au Yacht Club pour parler d'une soirée caritative. Julie en apprendra plus sur qui Charlotte est vraiment... 
Lorsque le gang se rend au Bait Shop pour assister au concert de The Subways, Taylor s'amuse à flirter avec Seth, ce qui ne manque pas de semer le trouble entre Summer et Seth. Marissa qui s'inquiète de la vengeance de Volchok fait tout ce qu'elle peut pour garder un oeil sur Ryan. Pendant ce temps, Matt, l'associé de Sandy, prend des initiatives lorsqu'il apprend qu'il va y avoir des licenciements au sein du Newport Group.
Les terminales de Harbor et de Newport Union préparent leur candidatures pour l'université pendant que Ryan, Seth, Summer et Marissa décident de ce qu'ils veulent faire. Iront-ils à l'université? Su oui, où iront-ils? Marissa, incapable de se décider, se rend à la compétition de surf de Johnny au lieu de remplir sa candidature. Pendant ce temps, Julie est mal en point et Kirsten, pressée de retravailler, propose de l'aider. Sandy, de son coté, invite un viel ami de Berkeley, l'université où il a été, à diner avec Seth et Ryan.
Ryan est engagé comme stagiaire au Newport Group, mais il finit par travailler pour sauver la réputation de Matt. Summer et Seth, determinés à aller à l'université Brown, font tout ce qu'il peuvent pour sortir du lot. Johnny finnit par réveler à Marissa ce qu'il éprouve vraiment pour elle. S'inspirant de la mésaventure de Julie, Kirsten à une nouvelle idée: ouvrir une agence de rencontre.
Après que le gang ait passé des heures à choisir un arbre de Noël, ils cherchent un plan pour venir en aide à Johnny, qui s'est fait renversé par une voiture et n'a pas assez d'argent pour se faire opérer. Seth propose alors d'organiser la Bar Mitzvah de Ryan, et reverser tous les fonds pour l'opération de Johnny. Ce dernier refuse la charité, et Ryan est sur le point d'abandonner lorsqu'il se rend compte que Johnny est amoureux de Marissa. Celle-ci lui affirme le contraire mais il reste sceptique. Cependant, Ryan trouve Johnny lorsqu'il s'apprêtre à commettre un braquage et lui dit que parfois, il faut se laisser aider par ceux qui ont de l'argent. La soirée se passe à merveille et se solde par une nouvelle rencontre: celle de Julie Cooper et Neil Roberts, le prère de Summer...
Après les vacances de Noël, Summer décide d'organiser une opération pour ramener Marissa à Harbor. Tout le monde se joint à elle, y compris son ancienne rivale, Taylor. En apprenant cela, ma mère de Taylor lui interdit de continuer. Ryan fait tout son possible pour aider Marissa et Sandy se ralie à la cause. Johnny passe des tests et ne peut pas réintégrer l'équipe de surf à cause de son genou. Marissa décide alors de rester à Newport Union pour le soutenir. Ryan rend une visite à Johnny pour qu'il persuade Marissa de revenir à Harbor. A l'aide de son ami Chili, il fait donc croire à Marissa qu'il peut réintegrer son équipe, et qu'il n'y a donc plus de raison qu'elle reste ici. Le soir, le conseil à lieu. Taylor désobéit à sa mère et présente alors 500 signatures d'élève favorables au retour de Marissa. Julie, Neil, Ryan et Sandy parviennent alors à convaincre le conseil: Marissa peut revenir à Harbor, juste a temps pour la photo de classe 2006.
Kaitlin Cooper, 14 ans, fait son retour à Newport. Revenue de la pension Montecito, elle ramène avec elle quelques secrets. Un certain Justin la suit jusqu'à Newport et Ryan va devoir l'aider. Elle semble également s'interesser à Johnny. Tenant plus de sa mère que de sa soeur, Kaitlin sème la zizanie en essayant de se rapporcher de sa famille, de la seule façon qu'elle connaît...
Pendant que Marissa essaie de mieux connâitre sa soeur, cette dernière provoque bien des problèmes concernant son quinzième anniversaire. Elle sort pour fumer un joint et rencontre un Seth stressé pour son entrevue d'admission à Brown, qui ne refuse pas un moment de détente... Pendant ce temps, Neil et Julie se mettent d'accord et pour ne plus se voir, cela pouvant affecter leurs filles. Marissa trouve Kaitlin en compagnie de Johnny et une dispute éclate entre les deux soeurs. Ryan aide Seth à se remettre sur pied pour son entretient alors que Summer en sort. Lors de la fête de Kaitlin, elle se dispute une nouvelle fois avec Marissa en lui disant ses quatres vérités, dont ses sentiments envers Johnny. Seth s'apprêtre à rencontrer don interlocuteur mais fait demi-tour et ment à Summer en lui disant que cela s'est bien passé. Il fume un autre joint, histoire de décomprésser...
Ryan conseille à Seth de dire la vérité à Summer à propos de l'entrevue, en échange il ne parlera pas du joint. Kaitlin sème la zizanie entre Marissa, Johnny et Ryan. Ce dernier dit à Marissa qu'il faut qu'elle réfléchisse vraiment sur ce qu'elle ressent pour Johnny. De leur côté, Kirsten et Julie propose à Neil de choisir une femme pour un rendez-vous, dans le but qu'il réalise que Julie est vraiment différente des autres. Mais le dîner tourne court lorsque Julie, qui les espoinnait, se fait démasquer. Neil lui avoue alors ses vrais sentiments. Seth n'a toujours pas parlé à Summer mais elle finit par découvrir qu'il n'a jamais passé l'entretient. Elle lui dit qu'ils doivent être honnêtes l'un envers l'autre... Plus tard, elle se rend chez les Cohen, elle découvre les joints... Marissa a pris une décision, elle glisse une lettre sous la porte de Johnny et se rend chez Ryan. Johnny et Kaitlin, accompagnés d'une bouteille, d'alcool se rendent à la plage. Soul, Johnny grimpe sur une falaise et Kaitlin appelle d'urgence Ryan et Marissa. Ryan monte et essaie de convaincre Johnny de redescendre mais il glisse, et tombe...
La tragédie force le gang à affrontrer leurs problèmes et la réalité. Sadie débarque à Newport et Ryan l'aide à enménager et à se débarasser de Volchok, ce qui pousse Ryan à se questionner sur sa relation avec Marissa. La fin des vacances sonne pour Kaitlin, qui doit retourner en pension, alors qu'elle se rapprochait de sa famille. De leur côté, Julie et Kirsten préparent la fête de la Saint-Valentin...
